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TMEM106B is a receptor mediating ACE2-independent SARS-CoV-2 cell entry

TMEM106B는 SARS-CoV-2가 ACE2 없이 세포 출입을 가능하게 하는 수용체다

[EzV] TMEM106B is a receptor mediating ACE2-independent SARS-CoV-2 cell entry

Abstract

SARS-CoV-2는 광범위한 tissue tropism(조직 친화성; 특정 병원체의 성장을 지원하는 숙주의 세포 및 조직 범위) 이 있는 것으로 알려졌습니다. Tissue tropism은 숙주 세포의 진입 수용체가 얼마나 다양한지에 의해 결정되는 특성입니다.

이 논문에서는 lysosomal transmembrane protein인 TMEM106B가 Angiotensin-Converting Enzyme 2 (ACE2)가 발현되지 않은 세포에 SARS-CoV-2의 진입이 가능하게 하는 대체 수용체 역할을 할 수 있음을 보여줍니다. Spike substitution E484D는 TMEM106B와의 결합 반응을 증진하여 TMEM106B와의 반응을 통한 세포 진입 과정을 유도했습니다. TMEM106B-specific monoclonal antibody는 SARS-CoV-2 감염을 차단하는 기능이 있는데, 이 항체를 통해 TMEM106B가 세포 내 바이러스 진입 과정에서 하는 역할을 보여줍니다. X-ray crystallography, 극저온 전자 현미경(cryogenic electron microscopy; cryo-EM) 및 수소-중수소 교환 질량 분석(hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry; HDX-MS) 기법을 사용하여 TMEM106B의 luminal domain(LD; lumen(organelle이나 혈관 등 관 형태의 체내 구조의 안쪽)과 접촉하는 세포 구조의 일부)이 SARS-CoV-2 spike의 receptor-binding motif와 결합한다는 것을 보여줍니다. 나아가, TMEM106B가 spike-mediated syncytium의 형성을 촉진하는데, 이 과정을 보임으로써 바이러스 융합 과정에서 TMEM106B의 역할을 확인할 수 있었습니다.

이들의 발견은 종합적으로 heparan sulfate 및 TMEM106B 수용체 간의 상호 작용을 포함하며 ACE2와는 독립적인, 새로운 SARS-CoV-2 감염 메커니즘을 소개합니다.

Figure

[Figure 1] 서로 다른 SARS-CoV-2 분리 배양물들은 숙주의 감염을 위해 TMEM106B을 활용할 수 있으며, spike substitution E484D는 TMEM106B의 활용을 증진시킨다

(A) ACE2(monoclonal) 혹은 TMEM106B(polyclonal)을 타게팅하는 sgRNA를 발현하는 NCI-H1975 세포입니다. 해당 세포는 SARS-CoV-2(Belgium/GHB-03021/2020)에 감염된 상태입니다. ACE2 knockout은 cytopathic effect(CPE)의 유도를 방지하지 못했습니다.

(B) SARS-CoV-2 isolates, 혹은 HCoV-229E(베타코로나바이러스군의 일종)에 감염된 Huh7 세포입니다. Luciferase(Luc)나 TMEM106B cDNA를 transduction하였습니다. Huh7 세포의 MEM106B overexpression은 모든 isolates에 대한 감염을 증진한 반면, TMEM106B-independent HCoV-229E에 대한 감염 위 조건에 영향을 받지 않았습니다.

(C) NCI-H1975 WT 및 monoclonal TMEM106BKO 세포가 SARS-CoV-2(MOI(multiplicity of infection) 10) 혹은 HCoV-229E(MOI 2)에 감염된 상태입니다. Wild type (WT) NCI-H1975 세포에서 Belgium/GHB-03021 바이러스 RNA level이 감염 1일 만에 1,000배 이상 증가한 것을 확인했습니다.

(D) (왼)SARS-CoV-2의 stock들이 가지고 있는 spike protein의 염기 서열, (오)NCI-H1975 세포가 각기 다른 SARS-CoV-2 Belgium/GHB-03021/2020에 감염(MOI 1)된 상태를 보입니다. NCI-H1975 세포에서 Belgium/GHB-03021의 유전 구조 상 다양한 아종에서 보이는 감염 효율성 변화를 관찰했습니다.

(E) ACE2(청색) 및 SARS-CoV-2-receptor-binding-domain(RBD, 주황색)이 서로 반응하는 과정을 보입니다.

(F) HCT-116 혹은 Huh7 세포의 감염률을 보이는 그래프로, luc, TMEM106B, ACE2 cDNA로 transduction을 하였습니다. SARS-CoV-2 spike(VSV-spike)를 품고 있는 가짜 입자(pseudoparticles)에 감염을 시킨 상태로, 각 spike의 종류에 따라 세포의 감염률을 보입니다. 그 중 E484D를 품고 있는 pseudovirus가 가장 감염률이 높았습니다.

[Figure 2] TMEM106B에 특이적으로 결합하는 단일 클론 항체는 SARS-CoV-2 침입을 막는다

(A) NCI-H1975 세포에 TMEM106B-specific 항체를 20μg/ml 처리한 뒤 SARS-CoV-2 Belgium/GHB-03021/2020에 감염시킨 후 감염 경과를 지켜보았습니다. 이 중 33가지 항체가 세포의 생존성을 유지하며 바이러스 감염을 막거나 감소시켰습니다.

(B) 위 결과에서 선정된 33가지 유효한 항체의 종류 및 양에 따라 세포의 생존력(cell viability)을 heatmap으로 표현했습니다.

(C) TMEM106B-specific 항체 2 μg/ml가 NCI-H1975 cell에서 SARS-CoV-2 감염을 무력화하는 정도(y축) 및 TMEM106B를 과발현하는 A549 cell에 결합하는 정도(x축)의 correlation plot을 그려본 결과, 두 특징은 서로 연관성이 깊다는 것을 확인하였습니다.

(D) NCI-H1975 세포에 TMEM106B-specific 항체 혹은 렘데시비르(remdesivir)를 처리한 후 SARS-CoV-2 Beiglum/GHB-03021/2020에 감염시켰습니다. 이후 MOI 10에서 viral RNA의 검출 증가 배율을 확인하여, SARS-CoV-2의 RNA 생산율을 확인했습니다. 비교를 위해 넣은 렘데시비르의 효과와 유사하게, Ab03, Ab09, Ab25는 SARS-CoV-2 감염을 거의 완전하게 차단했습니다.

(E) 비특이적인 결합(non-specific binding)의 가능성을 배제하기 위해, NCI-H1975 세포에 TMEM106B-specific 항체 혹은 렘데시비르(remdesivir)를 처리한 후 SARS-CoV-2 Beiglum/GHB-03021/2020, HCoV-229E, RSV 중 하나에 감염시켰습니다. 렘데시비르는 모든 바이러스 종류에 대한 보호 작용을 보였으나, Ab03 & Ab09 & Ab25 항체는 오직 SARS-CoV-2 감염의 방지 작용만 보였습니다.

(F) (E)와 마찬가지를 보이기 위해 NCI-H1975의 배지에 각 바이러스 종류를 감염시키고 24시간 후, 세포 염색 과정을 거치고 confocal image를 찍은 결과입니다.

(G) 단일 클론 TMEM106BKO 및 wild-type(WT) NCI-H1975 세포를 luciferase 혹은 TMEM106B로 transduction한 후, Ab09로 염색했습니다. Ab09 antibody의 특이적인 반응을 보기 위한 실험입니다.

(H) NCI-H1975 세포에 Ab09, anti-SARS-CoV02, E64d 혹은 remdesivir를 각기 다른 시간에 처리하였습니다. 감염 11시간 이후 qPCR을 통해 세포 내 viral RNA의 농도를 측정한 결과입니다. TMEM106B 항체의 항바이러스 작용 타이밍을 보기 위해 진행했으며, SARS-CoV-2의 침입에 특이적으로 반응하는 inhibitor를 확인했습니다. 이 결과를 통해, TMEM106B를 차단하는 것은 SARS-CoV-2 감염의 초기에 영향을 준다는 사실을 알게 되었습니다.

[Figure 3] TMEM106B는 SARS-CoV-2 spike의 RBD(receptor-binding domain)와 직접적으로 상호작용한다

(A) human TMEM106B의 단백질 구조(residues 118-261)을 그림으로 나타냈습니다. 해당 범위의 구조 상 밀집된 fibronectin type III (Fn3) domain을 확인하여, immunoglobulin domain과의 연관성을 확인했습니다.

(B) Spike trimer(고분자 3개가 결합한 구조)의 Cryo-EM map으로, TMEM106BLD와 결합한 형태를 그림으로 표현하였습니다.

(C) TMEM106BLD가 spike trimer 내 돌출된 RBD와 결합된 형태를 좀 더 자세히 표현한 Cryo-EM map입니다. SARS-CoV-2 spike는 TMEM106B의 결합 부위 내 RBD residue 484에 결합하는 양상을 보여, 구체적인 결합 형태를 그림으로 보여줍니다.

(D) 고정된 TMEM106B의 S1 결합 결과를 biolayer interferometry(생물층 간섭계: 레이블링 없이 생물 분자 간 상호작용을 실시간으로 측정하는 기술) 로 보였습니다. Spike-TMEM106B 결합의 강도를 확인하기 위한 실험으로, S1D484(Belgium/GHB-03021)가 TMEM106LD와 ~14μM 혹은 ~20 μM의 dissociation constant(해리 상수)를 보인 반면, S1E484(Wuhan-Hu-1)는 그보다 3배 약한 결합을 보였습니다. Figure 1(F)에서 보인 감염력의 증가가 여기서 설명되는데, Asp484가 spike-TMEM106B 간의 상호 작용을 강화시켜 서로 다른 변이 간 감염력의 차이가 생기는 점을 유추할 수 있습니다.

(E) spike-TMEM106B의 상호작용이 SARS-CoV-2의 감염에 중요한 역할을 하는 것을 확인하기 위해, SARS-CoV-2 혹은 HCoV-229E에 감염된 NCI-H1975 단일 클론 TMEMKO 세포에 wild-type(WT) 혹은 mutant TMEM106B cDNA를 transduction했습니다. M210A 및 F213A가 바이러스 감염에 가장 큰 영향을 주는 것으로 확인되어, TMEM106B의 SARS-CoV-2 감염에 대한 중요도를 강조했습니다.

(F) 위 (E)의 실험을 SARS-CoV-2 VOC omicron 감염의 조건으로 바꾸어 진행했습니다. 마찬가지로 cDNA상 M210A 및 F213A의 변형이 바이러스 감염의 정도를 유의미하게 줄이는 것으로 확인되었습니다.

(G) (C)에서 보인 spike-TMEM106B의 교차를 보다 가까이 보인 그림입니다. 위 결과와 종합하여 보면, Met210 및 Phe213이 TMEM106B로 인한 SARS-CoV-2 감염에 핵심적인 역할을 한다는 점을 확인할 수 있습니다. 두 residue 모두 TMEM106B LD의 α1 helix에 위치하여, RBD(Asp484)와의 결합 부위로 추측됩니다.

[Figure 4] TMEM106B는 바이러스 출입의 세포 내 이입 이후(post-endocytic) 단계에 필요하다

(A) ACE2 cDNA로 transduction을 하고 SARS-CoV-2 Belgium/GHB-03021/2020로 감염시킨 NCI-H1975 세포(wild-type(WT), 혹은 TMEM106BKO)의 viral RNA 증가율을 관찰했습니다. TMEM106B knockout이 NCI-H1975 세포의 viral RNA 생산을 거의 막았지만, ACE2를 과발현하는 TMEM106BKO 세포에서의 viral RNA 생산에는 영향을 주지 못했습니다.

(B) 위 결과와 이어지는 결과로, TMEM106B-specific antibody(Ab09)는 ACE2 발현이 덜한 세포의 감염을 줄였지만, ACE2가 과발현되는 세포의 감염에는 영향을 끼치지 못했습니다. 해당 결과들은 TMEM106B 및 ACE2 receptor들은 SARS-CoV-2 감염의 서로 다른 두 경로에 있다는 점을 강조합니다.

(C) 단일 항체 NCI-H1975 ACE2KO 세포 혹은 TMEM106BKO 세포(ACE2 과발현)입니다. SARS-CoV-2 Belgium/GHB-03021/2020 혹은 HCoV-229E에 감염이 된 상태이며, heparin 혹은 heparan sulfate로 전처리 되었습니다. 전처리 결과 모두 NCI-H1975 세포의 ACE2 및 TMEM106B 경로로 인한 감염을 차단했습니다. 이는 SARS-CoV-2가 glycosaminoglycan 계열의 분자와 결합하는 것을 확인할 수 있는 결과입니다.

(D) 단일 항체 NCI-H1975 ACE2KO 세포 혹은 TMEM106BKO 세포(ACE2 과발현)입니다. SARS-CoV-2 Belgium/GHB-03021/2020에 감염이 된 상태이며, EXT1을 타겟팅하는 sgRNA의 유무에 따라 조건이 나뉩니다. 양측 감염 루트에 heparan sulfate 이 끼치는 영향을 보입니다.

(E) WT NCI-H1975 세포, ACE2KO, TMEM106BKO, ACE2/EXT1KO, 혹은 ACE2/EXT1/TMEM106BKO 세포가 얼음 위에서 SARS-CoV-2 Belgium/GHB-03021/2020에 incubation된 결과입니다. TMEM106B가 세포 부착에 필요한 요소인지 확인하기 위한 실험으로, TMEM106B & ACE2 & EXT1의 knockout은 SARS-CoV-2가 세포에 결합하는 데 영향을 끼치지 않음을 밝힙니다.

(F) SARS-CoV-2에 감염된 NCI-H1975 세포를 ACE2 cDNA로 transduction을 하거나 하지 않은 경우를 비교합니다. TMEM106B 및 ACE2에 의존하는 세포 진입 메커니즘이 viral endocytosis가 필요한 지를 확인하기 위해 세포에 E64d(cathepsin protease inhibitor) 혹은 camostat(serine protease inhibitor) 처리를 하였습니다. E64d는 ACE2의 존재와 상관없이 세포 내 SARS-CoV-2의 유입을 차단했습니다.

(G) NCI-H1975 WT 혹은 monoclonal TMEM106BKO 세포를 MOI 8에서 SARS-CoV-2와 얼음 위 incubation을 진행했으며, translation 차단을 진행했습니다. Virion은 초기(0h)에는 세포 표면에서 발견되다가, 2시간 이후에는 양측 세포 모두 내부에서 바이러스 입자를 확인했습니다.

(H) (G)의 결과를 bar chart로 나타낸 그림입니다. 위 (G)의 결과와 함께, TMEM106B가 부족한 세포임에도 불구하고 바이러스 입자가 endocytosis를 진행할 수 있다는 것을 보입니다.

(I) HEK293T cell을 3가지 plasmid((1)SARS-CoV-2 Belgium/GHB-03021/2020 spike & mNeonGreen, (2) TMPRSS2, (3) ACE2, TMEM106B, Luc 중 하나)로 co-transfection하였습니다. ACE2 및 TMEM106B가 포함된 경우 융합세포가 탄생한 반면, Luc 혹은 TMEM106B의 M210A/F213A 변이를 도입한 경우 세포 간 융합이 일어나지 않았습니다.

[Figure 5] 다양한 기관에서 가져온 세포들을 통해 TMEM106B의 SARS-CoV-2 감염을 확인하다

(A) 감염된 glioma-derived U-87 MG 세포에 TMEM106B 혹은 AAVS1을 타깃하는 sgRNA를 transduction했습니다. TMEM106B knockout은 SARS-CoV-2 감염을 차단하는 것을 확인했습니다.

(B) 감염된 patient-derived glioblastoma cell에 Ab09가 있을 때의 반응을 보았습니다. TMEM106B에 특이적인 항체 Ab09도 위와 마찬가지로 SARS-CoV-2 감염을 차단했습니다.

(C) 감염된 iPSC-derived astrocytes에 Ab09가 있을 때의 반응을 보았습니다. TMEM106B에 특이적인 항체 Ab09도 위와 마찬가지로 SARS-CoV-2 감염을 차단했습니다.

(D) 감염된 HIEC-6 cell에 Ab09가 있을 때의 반응을 보았습니다. TMEM106B에 특이적인 항체 Ab09도 위와 마찬가지로 SARS-CoV-2 감염을 차단했습니다.

(E) 해당 논문에서 다룬 SARS-CoV-2의 두 가지 감염 경로를 요약한 그림 모형입니다.

Disscussion

SARS-CoV-2는 크게 두 가지 다른 경로를 사용하여 숙주 세포로 침입할 수 있습니다. 바이러스는 세포 표면 단백질 분해 효소(cell-surface protease)인 TMPRSS2에 의해 활성화될 때 plasma membrane과 융합되거나, endocytosis를 통해 세포로 들어가 cathepsin protease에 의해 활성화될 때 endo/lysosomal membrane과 융합됩니다.

이 논문에서는 TMEM106B와 ACE2가 별도의 감염 경로를 유도할 수 있음을 가장 중요하게 보여줍니다(Figure 4A 및 4B). NCI-H1975 세포가 가지는 두 가지 감염 과정의 경로는 viral endocytosis 및 cathepsin 활성에 의존합니다(Figure 4F). 그러나 TMEM106B가 TMPRSS2-overexpressing cell이 spike를 매개체로 하여 융합을 촉진한다는 것을 관찰한 결과(그림 4I), TMEM106B가 이 경로를 지원하는 다른 종류의 세포에서도 plasma membrane 진입을 용이하게 할 수 있음을 시사합니다.

또한, 이 논문에서는 TMEM106B의 일부분이 세포 표면에 존재한다는 것을 발견했습니다. 바이러스에 노출시킴과 동시에 anti-TMEM106B 항체로 surface pool을 차단했을 때 감염 방지에 효과가 있었습니다(Figure 2H). 이러한 데이터를 통해 SARS-CoV-2가 세포 표면에서 TMEM106B와 결합하거나, 바이러스와 항체가 결합된 TMEM106B가 co-internalized된 형태이며 그 후 결합이 세포 내 소포 내부에서 발생한다는 것을 알 수 있었습니다. 비록 TMEM106B가 SARS-CoV-2 세포 부착 및 endocytosis에 기여한다는 것을 배제할 수 없지만, TMEM106B는 바이러스 결합 및 endocytosis 단계를 촉진하는 것이 TMEM106B의 가장 중요한 기능임을 시사합니다(Figure 4G, 4H).

실제로, 해당 연구에서는 TMEM106B가 직접적으로 세포 간 융합을 촉진한다는 것을 발견했습니다(Figure 4I). TMEM106B에 의해 매개된 감염도 heparan sulfate에 의해 더욱 더 촉진됩니다(Figure 4C 및 4D). 전체적으로, 해당 연구의 데이터는 TMEM106B가 heparan sulfate 및 다른 가능한 수용체와 함께 바이러스 부착 및 내핵 흡수를 가능하게 하는 메커니즘을 제시하며, 이 과정에서 이후의 막 융합을 용이하게 하기 위해 cathepsin 활성과 결합된 TMEM106B가 필요합니다(Figure 5E). 구조적인 관점으로 보았을 때, TMEM106B 결합은 ACE2 결합에서 발생하는 것과 유사하게 spike의 입체 구조 변화를 안정화시킬 수 있습니다. ACE2 결합은 S2′ cleavage site를 더 쉽게 접근할 수 있게 하고 융합 펩타이드를 동원하는 spike의 입체구조 변화를 안정화시켜 융합을 위해 spike를 적절한 상태로 변환합니다. ACE2가 없는 경우 TMEM106B가 이 기능을 대신할 수 있다고 추측합니다. ACE2 결합과 유사하게, TMEM106B와 활성화 상태인 spike 간의 상호작용은 상이한 spike 입체구조의 평형을 점점 더 쉽게 접근할 수 있는 S2′ 부위와 융합 펩타이드를 가진 열린 쪽으로 밀어 S1 구성 요소의 점진적인 개방을 자극할 수 있습니다.

해당 논문에서는 TMEM106B-specific monoclonal antibody가 세포 외부에서 적용될 때 SARS-CoV-2 감염을 효율적으로 차단할 수 있음을 보여줍니다. 이처럼 강력하고 특이적인 항체는 미래에 과학적인 용도뿐만 아니라 치료적인 용도로도 사용될 가능성이 있습니다. 한 가지 예시로, 생체 내 SARS-CoV-2 감염에서 TMEM106B의 역할을 조사하고 lysosome biology에서 TMEM106B의 생리적 기능을 해독하는 데 사용될 수 있으며, 이는 현 단계에서는 아직 밝혀지지 않은 과정입니다. Spike를 직접 목표로 하는 여러 단일 클론 항체가 COVID-19 치료에 사용할 수 있도록 승인되었지만, 새로운 SARS-CoV-2 변종에 대한 제한된 활성을 가질 수 있습니다. 이러한 문제는 단일 클론 항체를 사용하여 숙주 인자에 대한 바이러스 접근을 차단함으로써 해결될 가능성이 있습니다.

REF

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