Single-cell CAR T atlas reveals type 2 function in 8-year leukaemia remission

Single-cell CAR T 아틀라스가 8-year leukaemia remission에서 type 2 function을 밝혀낸다

a, Schematic of the experimental design. The diagram was created using BioRender. b, UMAP visualization of 695,819 high-quality single CAR T cells, filtered from 1,029,340 sequenced cells across all patients and donors. Unsupervised clustering identified 17 distinct clusters. c, The patient demographics and clinical documentation. Patients were divided into five persistence groups on the basis of their durations of BCA. The discovery cohort includes 42 patients from clinical trial NCT01626495, and the validation cohort consists of 40 patients from clinical trial NCT02906371. IPA, ingenuity pathway analysis; Tc, cytotoxic T cell; Treg, regulatory T cell.

Abstract

Acute lymphocytic leukaemia(ALL)에 대한 chimeric antigen receptor (CAR) T cell 치료의 높은 반응률에도 불구하고 약 50%의 환자가 첫해 내에 재발하며, 이는 cell immune therapy의 다음 단계에서 해결해야 할 시급한 문제로 대두되고 있다. 본 연구에서는 초장기 CAR T cell 지속성의 분자적 결정 요인을 조사하기 위해 처음 두 개의 CAR T ALL 임상시험에 등록된 소아 ALL 환자 82명과 건강한 기증자 6명으로부터 기저 수준 또는 CAR 특이적 자극 후 주입 전 CAR T cell 695,819개에서 single cell multi-omics 아틀라스를 확보했다. 그 결과, CAR T 주입 제품의 type 2 function 상승이 환자들의 B cell 무형성 기간 중앙값 8.4년 유지와 유의미한 관련이 있음을 확인했다. Ligand-receptor interaction을 분석한 결과, type 2 cell은 전체 집단 항상성을 유지하기 위해 dysfunction 하위 집합을 조절하며, 항원 특이적 활성화 중에 IL-4를 추가하면 CAR T cell dysfunction을 완화하는 동시에 transcriptome 및 epigenome 수준 모두에서 적합성을 향상시킨다는 사실이 밝혀졌다. 치료 후 혈청의 연속적인 proteome profiling 결과, 5년 또는 8년간 재발이 없는 반응자에서 circulatory type 2 cytokine 수치가 더 높은 것으로 나타났다. leukemia 마우스 모델에서 type 2-high CAR T cell products는 특히 leukemia 재발생(rechallenge) 후 우수한 확장 및 항종양 활성을 보여주었다. type 2-low CAR T cell의 항종양 효능 회복은 제조 공정에 IL-4를 통합하거나 주입 전에 제조된 CAR T products에 IL-4를 priming하여 type 2 function을 향상시킴으로써 달성할 수 있었다. 우리의 연구 결과는 지속적인 CAR T therapy 반응의 매개체에 대한 통찰력을 제공하고, CAR T cell의 type-2 function을 강화하여 장기 관해 상태를 유지하기 위한 잠재적 치료 전략을 제시한다.

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