Stem cells는 tissue fitness를 유지하기 위해 dead cell clearance를 엄격하게 조절합니다. Abstract 매일 수십억 개의 세포가 우리 몸에서 제거됩니다. Macrophages와 dendritic cells는 죽어가는 세포와 잔해를 engulf하는 역할을 하지만, 많은 epithelial과 mesenchymal tissue 세포들도 인근의 apoptotic corpses를 소화할 수 있습니다. 이러한 비운동성, 비전문적인 phagocytes들이 어떻게 죽어가는 세포를 감지하고 제거하면서도 정상적인 조직 기능을 유지하는지는 불분명합니다. 본 연구에서는 hair cycling 동안 발생하는 조직 재생 및 퇴화의 반복적인 과정을 활용하여 이들의 다기능성을 뒷받침하는 메커니즘을 탐구합니다. 우리는 hair follicle stem cells가 인근의 apoptotic된 세포가 방출하는 lipids와 건강한 세포가 방출하는 retinoids라는 지역 분자적 신호를 통해 적절한 시간과 장소에서 일시적으로 phagocytosis를 활성화함을 보여줍니다. 이러한 dual ligand requirement의 ...
Amylase 유전자좌에서 재발생하는 진화와 선택에 의한 구조적 다양성 형성 Abstract 농업의 채택은 인간 집단에서 녹말이 풍부한 식단으로의 급격한 전환을 초래했습니다. Amylase 유전자는 녹말 소화를 돕는데, 녹말 섭취량이 많은 현대 인구 집단에서 amylase 유전자의 복제 수가 증가한 사례가 관찰되었지만, 최근 선택에 대한 명확한 증거는 부족했습니다. 여기서 우리는 94개의 long-read haplotype-resolved assembly와 약 5,600명의 현대 및 고대 인간으로부터의 short-read 데이터를 사용하여 amylase 유전자좌에서 구조적 변이의 다양성과 진화 역사를 해결했습니다. 우리는 농업 집단에서 amylase 유전자의 복제 수가 어업, 수렵, 목축 집단보다 높다는 것을 발견했습니다. 28개의 독특한 amylase 구조적 형태를 확인하고, 거의 동일한 구조가 최근 인류 역사에서 여러 haplotype 배경에서 반복적으로 발생했음을 증명했습니다. AMY1과 ...
ILC2 유래 LIF licence는 조직에서 전신 면역으로 진행됩니다 Abstract LIF(Leukemia Inhibitory Factor)라는 사이토카인이 면역 세포의 이동과 전신 면역 반응에서 중요한 역할을 한다 면역 세포의 이동과 위치 선정: 면역 세포들이 몸의 특정 위치로 이동하는 것은 면역 감시와 면역 반응을 위해 매우 중요하다. 이 이동은 주로 화학 신호(케모카인)와 이에 반응하는 수용체에 의해 조절된다. LIF의 역할: 그룹 2 선천성 림프구(ILC2)에서 생성되는 LIF가 없으면, 면역 세포들이 폐에서 림프절(LNs)로 이동하지 못하게 된다. 즉, LIF는 면역 세포들이 폐를 떠나 림프절로 이동하는 데 필수적인 역할을 한다. LIF 결핍의 영향: LIF가 없는 경우, 바이러스 감염 시 pDCs(형질세포성 수지상 세포)가 폐에 머물러 있어 국소화된 항바이러스 면역이 강화되지만, 전신 면역 ...
대장암에서의 예후 예측 유전체 및 전사체 시그니처 Abstract 대장암은 핵심 암 경로에 있는 드라이버 유전자에 영향을 미치는 일련의 체세포 유전체 변이에 의해 발생합니다. 이 연구에서는 암을 유발하는 체세포 돌연변이의 기능적 및 예후적 영향을 파악하기 위해, 장기간 추적 관찰된 인구 기반 코호트에서 1,063개의 1차 대장암의 전체 유전체와 전사체를 분석했습니다. 96개의 변이된 드라이버 유전자 중 9개는 이전에 대장암과 연관된 적이 없었고, 24개는 어떤 암과도 관련이 없던 유전자였습니다. 연구에서 두 가지 뚜렷한 경로 공돌연변이 패턴이 관찰되었으며, 시간적 분석을 통해 9개의 초기 드라이버 유전자 변이와 3개의 후기 드라이버 유전자 변이가 확인되었습니다. 또한, 여러 대장암 특이적 돌연변이 과정의 시그니처가 발견되었습니다. WNT, EGFR, TGFβ 경로 유전자, ...
Mitochondrial complex I은 신장암 전이를 유도한다 Abstract 대부분의 신장암은 대사적인 문제를 동반하지만, 이러한 대사 기능 이상이 인간의 암 진행에 어떤 영향을 미치는지는 알려져 있지 않습니다. 이 연구에서는 신장암 수술 중 80명 이상의 환자에게 13C를 레이블링한 영양소를 주입했습니다. [U-13C]glucose로부터 유래한 레이블링이 신장암의 아형에 따라 달라지며, 이는 신장 환경 자체만으로 모든 신장암의 대사 재프로그래밍(metabolic reprogramming)을 설명할 수 없다는 것을 의미합니다. 정상 신장 조직과 비교했을 때, 투명세포 신세포암(clear cell renal cell carcinomas; ccRCC)은 in vivo 및 ex vivo에서 TCA 회로(tricarboxylic acid cycle) 중간체의 표지가 억제되었습니다. 이는 이러한 억제 현상이 암 조직 자체의 특징임을 의미합니다. 이후 환자들에게 [1,2-13C]acetate와 [U-13C]glutamine을 주입하고, 신장과 종양의 미토콘드리아에서 호흡 ...
Prime editing의 염색질 맥락-의존적 통제와 후성유전학적 조절 Abstract 이 연구는 prime editing이라는 정밀한 유전체 공학 도구에 Cis-Chromatin 환경이 미치는 영향을 철저히 분석하고자 했습니다. 무작위로 통합된 리포터의 유전체 위치를 mapping하는 고감도 방법을 사용해, 동일한 target 사이트와 편집에서 편집 효율이 ∼0%에서 94%까지 크게 변동 하는 위치 효과를 발견했습니다. Prime editing 효율에 대한 위치 효과는 H3K79me2에 의해 긍정적으로, H3K9me3에 의해 부정적으로 예측되는 Chromatin 표지에 의해 잘 예측되었습니다. 이어서, Cis-Chromatin 환경에서 Trans-acting 인자가 편집 결과에 미치는 영향을 평가하기 위해 다중 교란 framework를 개발했습니다. 이 framework를 DNA 수리 인자에 적용한 결과, 상황에 따라 HLTF가 Prime editing을 억제할 수 있음을 확인했습니다. 마지막으로, 여러 증거가 활발한 전사 신장이 prime editing을 촉진함을 시사하고 있음을 보여줍니다. 이에 따라, 우리는 CRISPR를 이용한 유전자 침묵화 또는 활성화를 통해 prime editing 효율성을 각각 감소시키거나 증가 시킬 수 있음을 입증했습니다. Figures Design and efficient ...
FANCD2–FANCI는 DNA를 감시하고 이중 가닥에서 단일 가닥으로의 접합부를 인식합니다 Abstract DNA 교차결합은 DNA 복제를 차단하며, 이는 Fanconi anaemia 경로에 의해 복구됩니다. FANCD2–FANCI (D2–I) 단백질 복합체는 이 과정에서 중심적인 역할을 하며, 병변 주변에서 DNA 절개를 조정하여 복구를 시작합니다. 그러나 D2–I는 DNA 복구에서 더 일반적인 역할을 하며, 비정상적인 분해로부터 멈춘 복제 포크를 보호하는 역할도 합니다. 현재로서는 DNA 교차결합이 어떻게 인식되며 D2–I가 복제 포크 보호에서 어떻게 기능하는지가 불분명합니다.여기서 우리는 single-molecule imaging을 사용해 D2–I가 이중 가닥 DNA에 결합하여 확산하는 슬라이딩 클램프임을 보여줍니다. 특히, 슬라이딩하는 D2–I는 단일 가닥–이중 가닥 (ss–ds) DNA 접합부와 마주칠 때 멈추는데, 이러한 구조는 복제 포크가 DNA 병변에 멈췄을 때 생성됩니다. cryogenic ...
In vivo 상호작용 screening은 전이에 대한 간 유래 constraints를 밝혀낸다 Abstract 전이된 암 세포 중 단 0.02%만이 *명확한 전이(overt metastasis)를 일으킬(seed) 수 있는 것으로 추정된다. 이는 전이의 seeding에 대한 환경적 제약이 존재함을 시사하지만, 이 과정을 제어하는 host factor의 구체적인 landscape는 여전히 명확하지 않다. 여기에서 우리는 transposon 기술과 fluorescence niche labelling을 결합하여 간세포와 전이 세포 간의 상호작용을 체계적으로 조사하기 위한 생체 내 CRISPR activation screen을 개발했다. 우리는 대장암, 췌장암 및 흑색종 동종 마우스 모델에서 간 colonization의 중요한 숙주 유래 조절자로서 plexin B2를 확인했다. 우리는 plexin B2가 종양 세포의 IV형 semaphorin과 상호작용하여 KLF4의 상향 조절을 유도하고, 그 결과 상피 특성의 획득을 촉진하는 ...
TERT의 clonal inactivation는 stem cell competition을 손상시킵니다. Abstract Telomerase는 chromosome ends을 보호하는 nucleoprotein caps인 telomeres를 촉매로 연장하기 때문에 줄기세포 및 암과 밀접한 관련이 있습니다. Telomerase reverse transcriptase (TERT)의 과발현은 telomere와 무관한 방식으로 세포의 증식을 촉진하지만, 지금까지 loss-of-function 연구에서는 TERT가 줄기세포 기능에 직접적인 역할을 한다는 증거는 발견되지 않았습니다. 많은 조직에서 항상성은 stem cell competition에 의해 형성되는데, 이는 줄기세포가 내재된 적합성을 기반으로 경쟁하는 과정입니다. 여기에서는 마우스의 spermatogonial stem cell (SSC)-containing population에서 Tert의 conditional deletion이 competitive clone formation을 현저하게 손상시킨다는 사실을 보여줍니다. Tert locus의 lineage tracing을 통해 TERT-expressing SSC는 수명이 긴 클론을 생성하지만, TERT의 clonal inactivation은 stem cell differentiation와 open chromatin의 genome-wide reduction을 ...
인체 SARS-CoV-2 감염 모델을 통해 국소 및 전신 면역 반응 역학을 밝히다 Abstract COVID-19 팬데믹은 여전히 지속 중이며 위협적이지만, 이 질병에 대한 초기 세포 반응의 역학에 대한 이해는 제한적입니다. 이 연구에서는 SARS-CoV-2 human challenge model*을 통해 혈청 음성인 참가자들에게 Alpha 변이 이전의 SARS-CoV-2를 노출시켰습니다. 비인두(nasopharyngeal) 면봉과 혈액 샘플의 single-cell multi-omics profiling을 사용하여 중단된 감염(abortive infection), 일시적 감염(transient infection), 지속적 감염(sustained infection)*의 경우를 각각 시간에 따라 분석했습니다.분석 결과, 특정 시점과 감염 상태에 따라 상피 세포와 면역 세포의 세포 유형 비율과 수십 개의 동적인 세포 반응 상태가 빠르게 변화하는 것을 발견했습니다. 감염 후, 혈액을 도는 인터페론(interferon) 반응이 비인두 반응보다 앞서 발생하는 것을 ...
About Us
CNS 논문을 한국어로 간편하게 볼 수 있도록 도와드립니다. 최신 연구 follow up에 도움을 드립니다.