Structural biology Archives - Science-EasyView

Structural basis of Integrator-dependent RNA polymerase II termination

Post author:science-easyview
Post published:04/17
Post category:Molecular biology Nature Paper EzV Structural biology

Integrator에 의존하는 RNA polymerase II termination의 구조적 기반 Abstract Integrator 복합체는 유전자의 프로모터 근처 영역에서 RNA polymerase II (Pol II)를 termination할 수 있습니다. 이전 연구에서 Integrator가 Pol II, DRB sensitivity-inducing…

A vagal reflex evoked by airway closure

Post author:science-easyview
Post published:04/13
Post category:Abstract Nature Neuroscience Structural biology

기도 폐쇄에 의해 유발된 미주신경 반사 Abstract *기도 무결성은 평생 동안 지속적으로 유지되어야 합니다. 감각 뉴런은 기도가 막히는 것을 방지하며, 순간마다 호흡 기능을 유지하기 위한 중요한 반사작용을 수행합니다. 폐 용량…

Highlights • Structure of the chloroplast transcription complex • Fifteen nuclear-encoded subunits encase the plastid-encoded polymerase • Subunits PAP1 and PAP2 interact with the DNA and the mRNA, respectively • Structure-guided insights into enzymatic activities of subunits

Structure of the plant plastid-encoded RNA polymerase

Post author:science-easyview
Post published:03/07
Post category:Abstract Bioinformatics Cell Structural biology

Structure of the plant plastid-encoded RNA polymerase Abstract 엽록체 유전자는 광합성과 관련된 단백질을 코딩하며 주로 *Plastid-encoded RNA polymerase(PEP)에 의해 전사된다. PEP은 박테리아 RNA polymerase (RNAPs)와 유사한 Plastid-encoded 단위체들로 구성된 다중-단위체…

transcriptional repressors를 탑재한 programmable editors를 사용한 영구적인 epigenetic silencing은 인간 질병의 치료에 큰 가능성을 가지고 있다. 하지만, 그 전체 치료적 잠재력을 이끌어내기 위해서는 생체 내에서 editors의 일시적인 전달 후 지속적인 epigenetic silencing의 실험적 확인이 필요하다. 이를 위해, 우리는 cholesterol homeostasis에 관여하며 간세포에서 발현되는 Pcsk9 유전자를 대상으로 삼았다. 다양한 editor 디자인의 체외 선별은 zinc-finger proteins이 마우스 Pcsk9의 효율적인 silencing을 위한 최상의 DNA-결합 플랫폼임을 나타냈다. editors의 mRNAs를 로딩한 *lipid nanoparticles의 단일 투여는 거의 1년 동안 마우스의 순환 PCSK9 수준을 거의 절반으로 줄였다. 특히, Pcsk9 silencing과 동반된 epigenetic 억제 표지도 **강제 간 재생 (forced liver regeneration) 후에도 지속되었으며, 새롭게 설정된 epigenetic 상태의 유전성을 추가로 입증했다. 구조 디자인의 개선은 우리가 evolved engineered transcriptional repressor (EvoETR)라고 부르는 all-in-one 구성의 개발로 이어졌다. 이 디자인은 높은 특이성 프로필을 특징으로 하며, DNA 분열을 유발하지 않고도 전통적인 유전자 편집을 통해 얻은 것과 비교할 수 있는 효율로 마우스에서 PCSK9의 순환 수준을 추가로 감소시켰다. 우리의 연구는 epigenetic silencing을 기반으로 하는 생체 내 치료제 개발의 기초를 마련한다.

Durable and efficient gene silencing in vivo by hit-and-run epigenome editing

Post author:science-easyview
Post published:03/07
Post category:Abstract Bioinformatics Nature Structural biology

생체 내에서 지속 가능하고 효율적인 유전자 silencing을 위한 일시적 epigenome 편집 Abstract transcriptional repressors를 탑재한 programmable editors를 사용한 영구적인 epigenetic silencing은 인간 질병의 치료에 큰 가능성을 가지고 있다. 하지만, 그…

DNA-guided transcription factor cooperativity shapes face and limb mesenchyme

Post author:science-easyview
Post published:02/07
Post category:Abstract Bioinformatics Cell Developmental biology Structural biology

DNA-guided 전사 인자 협력성이 안면 및 사지 중간엽을 형성한다 Abstract 전사 인자(TFs)는 거의 동일한 DNA 결합 특이성에도 불구하고 서로 다른 세포 정체성을 정의할 수 있다. Regulation의 특이성을 달성하는 한 가지…

Immune Evasion, Infectivity, and Fusogenicity of SARS-CoV-2 Omicron BA.2.86 and FLip Variants

Post author:science-easyview
Post published:02/07
Post category:Abstract Bioinformatics Cell Genetics Immunology Structural biology

SARS-CoV-2 Omicron BA.2.86 및 FLip 변이체의 면역 회피, 감염성, 및 융합성 Abstract SARS-CoV-2의 진화는 현재 백신 조치에 대한 재평가를 필요로 한다. 여기서, 우리는 BA.2.86 및 XBB 계열 변이체인 FLip을 D614G,…

Gram-negative 박테리아의 세포질 막은 외부 막에 의해 둘러싸여 있는데, 이 외부 막은 대부분의 항생제의 진입을 막아서 박테리아를 죽이기 어렵게 만든다. 외부 막에 침투할 수 없는 이유는 외층에 큰 amphipathic glycolipid인 lipopolysaccharide(LPS)가 존재하기 때문이다. 외부 막의 조립은 LPS를 세포질 막에서 세포 표면까지 transport하는 protein bridge를 통해 이루어진다. 외부 막의 무결성을 유지하는 것은 박테리아 세포의 생존에 필수적이고, 이를 파괴한다면 다른 항생제에 대한 감수성을 증가시킬 수 있다. 따라서, 이 transport 과정을 구성하는 7개의 Lpt 단백질을 억제하는 것이 오랫동안 연구되어 왔다. 최근 Acinetobacter에서 LPS transport machinery를 대상으로 하는 새로운 클래스의 항생제가 확인되었다. 여기에서, 우리는 구조적, 생화학적, 유전적 접근법을 사용하여 이 항생제들이 LPS transporter에 결합된 substrate-bound conformation을 가둬 이 machinery를 정지시킨다는 것을 보여준다. 이는 억제제들이 Lpt transporter와 그 LPS substrate로 구성된 복합 결합 사이트를 인식함으로써 달성된다. 우리의 발견은 lipid transport inhibition의 특이한 메커니즘을 식별하고, Lpt transporter의 약물화 가능한 conformation을 드러내며, 이 클래스의 항생제를 다른 gram-negative pathogen에 확장하는 기초를 제공한다.

A new antibiotic traps lipopolysaccharide in its intermembrane transporter

Post author:science-easyview
Post published:01/19
Post category:Abstract Biochemistry chemical biology Nature Structural biology

LPS를 세포막 간 transporter에 가두는 새로운 항생제 Abstract Gram-negative 박테리아의 세포질 막은 외부 막에 의해 둘러싸여 있는데, 이 외부 막은 대부분의 항생제의 진입을 막아서 박테리아를 죽이기 어렵게 만든다. 외부 막에…

Structural evolution of fibril polymorphs during amyloid assembly

Post author:science-easyview
Post published:01/11
Post category:Cell Paper EzV Structural biology

amyloid assembly 중 fibril polymorphs의 Structural evolution. Abstract Cryoelectron microscopy (cryo-EM)은 질병과 관련된 amyloid fibril structures에 대한 전례 없는 통찰력을 제공했습니다. 이러한 구조는 긴 assembly processes의 endpoints를 나타내며, assembly 초기에…

Pathogen protein modularity enables elaborate mimicry of a host phosphatase

Post author:science-easyview
Post published:08/14
Post category:Cell Molecular biology Paper EzV Structural biology

병원체 protein의 모듈성을 통한 정교한 host phosphatase 모방 Abstract 병원체는 숙주 세포를 조작하기 위해 다양한 effector protein을 생산합니다. 그러나 effector 레퍼토리에서 기능적 다양성이 생성되는 방식은 잘 알려져 있지 않습니다. 식물…