Bronze Age cheese reveals human-Lactobacillus interactions over evolutionary history
청동기 시대 치즈에서 드러난 인간-Lactobacillus 상호작용의 진화 역사 Abstract 발효 유제품 섭취의 오랜 역사에도 불구하고, 발효 미생물이 인류 역사 동안 어떻게 사용되고 진화했는지에 대해서는 거의 알려져 있지 않습니다. 이 연구에서는…
Recurrent evolution and selection shape structural diversity at the amylase locus
Amylase 유전자좌에서 재발생하는 진화와 선택에 의한 구조적 다양성 형성 Abstract 농업의 채택은 인간 집단에서 녹말이 풍부한 식단으로의 급격한 전환을 초래했습니다. Amylase 유전자는 녹말 소화를 돕는데, 녹말 섭취량이 많은 현대 인구…
Rapid DNA unwinding accelerates genome editing by engineered CRISPR-Cas9
신속한 DNA unwinding은 engineering된 CRISPR-Cas9에 의한 유전체 편집을 가속화한다 Abstract Thermostable clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) 및 CRISPR-associated (Cas9) enzyme은 긴 단백질 수명으로 인해 유전체 편집 효율성과 전달…
Paternal microbiome perturbations impact offspring fitness
Paternal microbiome perturbations이 자손의 건강에 미치는 영향 Abstract gut microbiota는 host–environment interaction의 인터페이스에 작용하여 인체 항상성 및 대사 네트워크에 영향을 미칩니다. 따라서 gut microbial ecosystems의 불균형을 초래하는 환경적 요인은 신체…
Ancestral allele of DNA polymerase gamma modifies antiviral tolerance
DNA polymerase gamma의 Ancestral allele가 antiviral tolerance를 수정합니다. Abstract Mitochondria는 infection 후 mitochondrial RNA 및 DNA(mtDNA 및 mtRNA) 조각을 cytoplasm으로 방출하여 virus sensors와 type-I interferon (IFN-I) 반응을 활성화함으로써 antiviral tolerance를…
The variation and evolution of complete human centromeres
complete human centromeres의 변화와 진화 Abstract Human centromeres는 repetitive nature와 large size로 인해 염기서열을 분석하고 조립하기가 매우 어려웠습니다. 그 결과, human centromeric variation의 패턴과 진화와 기능에 대한 모델은 여전히 불완전하지만,…
(A) (좌측) 실험의 개요도. (우측) scRNA-seq은 uniform manifold approximation and projection (UMAP)을 통해 약 143,000개의 세포로 표시된 발달 과정의 인간 심장을 만드는 다양한 범위의 독특한 심장 세포를 식별함.
(B) MERFISH를 사용하여 238개의 심장 세포 특이 유전자가 공간적으로 어떻게 식별되었는지 보여주는 개략도. 각 색상은 10가지 특정 RNA 전사체의 개별 분자 위치를 표시.
(C) MERFISH로 식별된 약 250,000개의 심장 세포들이 UMAP에 의해 특정 세포 집단으로 군집화. 군집화 결과는 (D)에서 실제 심장 절단면에 세포 분포를 나타내기 위해 사용됨.
(D) (좌측) 식별된 MERFISH 세포들이 13주차 심장의 전면 절단면에 공간적으로 매핑되었으며, (우측) 주요 세포 클래스에 따라 표시.
(E) MERFISH와 age-matched scRNA-seq 데이터 세트 간의 joint embedding을 통해 세포 라벨 transfer과 MERFISH 유전자 추정이 가능해짐.
(F) Co-occurrence heatmap은 MERFISH 세포의 cell annotation과 13주차 scRNA-seq 데이터 세트에서 transfer된 annotation의 correspondence를 보여줌.
(G) 유전자 추정 성능은 MERFISH로 측정된 마커 유전자의 normalized gene expression profile과 해당 cell의 추정 gene expression profile을 공간적으로 비교함으로써 검증.
Spatially organized cellular communities form the developing human heart
공간적으로 조직된 세포 커뮤니티가 발생 단계의 인간 심장을 형성한다 Abstract 심장은 첫 번째로 발달하는 기관으로, 그 형태에 따라 기능이 크게 좌우된다. 하지만, 다양한 심장 세포 유형이 어떻게 공간적으로 조정되어 심장…
Synthetic reversed sequences reveal default genomic states
합성 역방향 서열이 기본 유전체 상태를 드러낸다 Abstract 광범위한 전사 활동이 다양한 종에서 관찰됩니다. 현존하는 생물체의 게놈은 수십억 년에 걸친 진화를 겪었으며, 이러한 게놈 활동이 선택의 결과인지 아니면 '잡음'인지 분명하지…
후각 수용체(Olfactory Receptor, OR) 선택은 모든 후각 뉴런이 약 2,000개 이상의 OR 대립유전자 중 하나를 안정적으로 transcription하는 transcriptional dominance를 위한 대립유전자 경쟁의 극단적인 예시다. OR 유전자 선택은 단일 OR에서 전사를 활성화하는 다중 염색체 enhancer hub에 의해 매개되고, 뒤따르는 OR translation-dependent feedback에 의해 안정화된다. 여기에서는 single cell genomics를 사용하여 다양한 enhancer 구성을 가진 많은 경쟁 hub가 형성되며, 그 중 하나만 euchromatic 특징과 transcription 능력을 유지한다는 것을 보여준다. 또한, 우리는 OR transcription이 enhancers를 모집하고 enhancer hub 활동을 국소적으로 강화하는 반면, OR RNA는 원거리에서 경쟁하는 OR의 transcription을 억제하여 *transcriptional singularity로의 전환을 촉진한다는 증거를 제시한다. OR transcription은 동등한 enhancer hub 간의 대칭을 깨기에 충분하지만, OR translation은 우세한 hub에서 transcription을 안정화 했으며, 이는 transcriptional prevalence를 위해 OR 대립유전자에 의해 구현되는 순차적 non-coding 및 coding 메커니즘이 있을 수 있음을 나타낸다. 우리는 coding OR mRNA가 핵 구조에 영향을 미치고 자신의 transcription을 강화하며, 경쟁자의 transcription을 억제하는 non-coding 기능을 가지고 있으며, 이는 확률론적 세포 운명 결정에 일반화할 수 있는 함의를 가진다고 제안한다.
RNA-mediated symmetry breaking enables singular olfactory receptor choice
RNA 매개 symmetry breaking이 단일 후각 수용체 선택을 가능하게 한다 Abstract 후각 수용체(Olfactory Receptor, OR) 선택은 모든 후각 뉴런이 약 2,000개 이상의 OR 대립유전자 중 하나를 안정적으로 transcription하는 transcriptional dominance를…
Homo sapiens reached the higher latitudes of Europe by 45,000 years ago
45,000년 전 유럽의 높은 지역에 도달한 호모사피엔스 Abstract 유럽의 중기에서 후기 구석기 시대로의 전환은 인근 지역 네안데르탈인의 소멸 및 호모 사피엔스의 확산과 관련이 있습니다. 후기 네안데르탈인은 동유럽에서 호모사피엔스가 등장한 후에도…