Journal

(A) (좌측) 실험의 개요도. (우측) scRNA-seq은 uniform manifold approximation and projection (UMAP)을 통해 약 143,000개의 세포로 표시된 발달 과정의 인간 심장을 만드는 다양한 범위의 독특한 심장 세포를 식별함. (B) MERFISH를 사용하여 238개의 심장 세포 특이 유전자가 공간적으로 어떻게 식별되었는지 보여주는 개략도. 각 색상은 10가지 특정 RNA 전사체의 개별 분자 위치를 표시. (C) MERFISH로 식별된 약 250,000개의 심장 세포들이 UMAP에 의해 특정 세포 집단으로 군집화. 군집화 결과는 (D)에서 실제 심장 절단면에 세포 분포를 나타내기 위해 사용됨. (D) (좌측) 식별된 MERFISH 세포들이 13주차 심장의 전면 절단면에 공간적으로 매핑되었으며, (우측) 주요 세포 클래스에 따라 표시. (E) MERFISH와 age-matched scRNA-seq 데이터 세트 간의 joint embedding을 통해 세포 라벨 transfer과 MERFISH 유전자 추정이 가능해짐. (F) Co-occurrence heatmap은 MERFISH 세포의 cell annotation과 13주차 scRNA-seq 데이터 세트에서 transfer된 annotation의 correspondence를 보여줌. (G) 유전자 추정 성능은 MERFISH로 측정된 마커 유전자의 normalized gene expression profile과 해당 cell의 추정 gene expression profile을 공간적으로 비교함으로써 검증.