human kidney의 healthy and injured cell states and niches에 대한 atlas.
Abstract
kidney disease를 이해하려면 cell types and states의 complexity, 관련 molecular profiles 및 tissue neighbourhoods 내 interactions을 정의해야 합니다.
이 연구에서는 multiple single-cell and single-nucleus assays (40만 개 이상의 핵 또는 세포)과 spatial imaging technologies를 광범위한 healthy reference kidneys (45명의 기증자)과 diseased kidneys (48명의 환자)에 적용했습니다. 이를 통해 희귀하고 이전에 설명되지 않은 cell populations을 포함하여 51개의 main cell types에 대한 high-resolution cellular atlas를 제공했습니다. multi-omic approach는 kidney 전반에 걸친 상세한 transcriptomic profiles, regulatory factors and spatial localizations spanning을 제공합니다. 또한 kidney injury로 인해 변화된 nephron segments and interstitium에 걸쳐 cycling, adaptive (successful or maladaptive repair), transitioning and degenerative states를 포함하는 28가지 세포 상태를 정의합니다. Molecular signatures는 spatial transcriptomics을 사용하여 injury neighbourhoods에서 이러한 상태를 localization할 수 있게 해주었으며, large-scale 3D imaging analysis (around 1.2 million neighbourhoods)는 active immune responses와의 연관성을 제공했습니다. 이러한 분석을 통해 kidney function 저하와 관련된 maladaptive states를 예측하는 epithelial repair의 기저에 있는 signatures를 포함하여 injury time-course and niches와 관련된 생물학적 경로를 정의했습니다.
건강한 사람과 질병에 걸린 사람의 kidney에 대한 이 통합된 multimodal spatial cell atlas는 cellular states, neighbourhoods, outcome-associated signatures 및 공개적으로 사용 가능한 interactive visualizations에 대한 포괄적인 벤치마크를 나타냅니다.