정상 인간 세포 유형에서의 DNA 메틸화 아틀라스
Abstract
DNA 메틸화는 유전자 발현과 염색질 구성을 관장하는 근본적인 후생유전학적 표식이므로 세포 정체성과 발달 과정에 대한 창을 제공합니다. 현재 데이터 세트는 일반적으로 메틸화 부위의 일부만을 포함하며 종종 배양에서 막대한 변화를 겪은 세포주 또는 불특정 세포 혼합물을 포함하는 조직을 기반으로 합니다.
이 연구에서는 205개의 건강한 조직 샘플에서 분류된 39개 세포 유형을 활용해 수천 개의 고유한 마커에 대한 조각 수준 분석을 심층 whole-genome bisulfite sequencing을 기반으로 하는 인간 메틸롬 아틀라스를 설명합니다. 동일한 세포 유형의 복제는 99.5% 이상 동일하여 환경 교란에 대한 세포 식별 프로그램의 견고성을 입증합니다. 아틀라스의 감독되지 않은 클러스터링은 조직 개체 발생의 핵심 요소를 요약하고 배아 발달 이후 유지된 메틸화 패턴을 식별합니다. 개별 세포 유형에서 고유하게 메틸화되지 않은 유전자좌는 종종 전사 인핸서에 상주하며 조직 특이적 전사 조절자를 위한 DNA 결합 부위를 포함합니다. 독특하게 과메틸화된 유전자좌는 드물고 CpG island, Polycomb 표적, CTCF 결합 부위가 풍부하여 세포 유형별 염색질 루핑을 형성하는 새로운 역할을 제안합니다.
아틀라스는 유전자 조절 및 질병 관련 유전적 변이 연구에 필수적인 자원을 제공하며, 액체 생검에 사용할 수 있는 잠재적인 조직 특이적 바이오마커를 풍부하게 제공합니다.